O processo de escolha da autoridade máxima da USP, o reitor, em muitas ocasiões foi questionado pelas entidades representativas das três categorias da Universidade (docentes, estudantes e funcionários). Hoje, as eleições acontecem por um processo indireto, em dois turnos, nos quais representantes das classes que compõem a Universidade elegem três nomes a serem apresentados ao governador. Uma das reclamações de funcionários e estudantes é a quantidade pequena de representantes dessas duas categorias, em detrimento de uma maioria de professores titulares. A Secretaria Geral da Universidade é o órgão responsável pela organização, além de auxiliar na apuração e na totalização dos votos. Esses processos são de acesso público.
Os eleitores do primeiro turno são membros do Conselho Universitário (Co), dos Conselhos Centrais e das Congregações das Unidades. As Congregações são compostas por representantes do corpo docente, discente e dos funcionários da USP. Cada eleitor tem direito a um voto secreto, contendo, no máximo, três nomes de professores titulares em atividade na Universidade.
Ao final dessa primeira fase, a Comissão Eleitoral divulga os oito nomes mais votados. Caso haja empate, prevalece o nome do professor com maior tempo de serviço docente na USP. As Normas para as eleições para reitor(a) na USP estão descritas no Título VIII, Artigos 210 a 241 do Regimento Geral da Universidade.
Segundo turno
No segundo turno, o Colégio Eleitoral é formado apenas por membros do Co e dos Conselhos Centrais, sendo que, os eleitores que forem membros dos dois conselhos, votam apenas como membros do Co. Nesta fase são eleitos os nomes que irão compor a lista tríplice, que será encaminhada ao governador do Estado para que ele defina o(a) novo(a) reitor(a) da Universidade.
Durante a votação, que é realizada no prédio da Reitoria, quatro mesas recebem os votos. Cada uma delas é presidida por um docente designado pelo(a) reitor(a). O presidente da mesa tem ainda o auxílio de dois mesários docentes ou servidores. É possível acontecer até três escrutínios, com duração de, no máximo, 45 minutos cada um. As apurações, em cada um deles, têm início logo após o término da votação nas quatro mesas. O início daqueles que seguem o primeiro se dá dez minutos depois da proclamação do resultado do escrutínio anterior.
Os votos dados a professores já eleitos em anteriormente não são considerados. O número de elegíveis no segundo e terceiro escrutínio corresponde, no máximo, ao número de vagas existentes para completar a lista tríplice.
O processo de eleições para reitor(a) é definido pelo Estatuto da Universidade. A forma como elas são realizadas (indiretas) é uma das pautas de docentes e discentes nesta greve, que teve início no dia 5 de maio.